一楼：校史馆

浙江中医药博物馆一层为校史馆，采用图文、声像、实物等方式全景展现学校的历史变迁、发展脉络和办学成就，展现了浙江中医药大学从浙江中医学院到移址更名六十年一路走来的风雨历程。

二楼：医史馆

浙江中医药博物馆二层为医史馆，以中华医药数千年的辉煌历史为主题，分中国医史厅与浙江医史厅两部分，以时间为主线，展示各个时期中医药发展的成就与贡献，尤其以系统、全面地展示浙江中医药文化为特色。

三楼：中药馆

浙江中医药博物馆三层为中药馆，展陈各种常用中药、珍稀药材和地道药材，尤其重点展示浙八味、新浙八味等浙产名药，仿真的自然环境与现代的虚拟技术交相穿插，让游客全方位感受中药文化历久弥新的风采，将游客带进传统中药文化的殿堂。